دانشگاه ماساریک دومین دانشگاه بزرگ در جمهوری چک است، عضو گروه کمپوستلا ((Compostela Group of Universities (CGU) و شبکه اوترخت (Utrecht Network) است. در سال 1919 در برنو به عنوان دومین بزرگترین دانشگاه کشور چک تاسیس شد (پس از دانشگاه چارلز که در سال 1348 میلادی تاسیس شده و قبل از دانشگاه Palacký که در سالهای 1573-1860 وجود داشت)، در حال حاضر شامل 9 دانشکده و 35،115 دانش آموز است بر اساس آمار سال 2014.

پس از انقلاب مخملی در سال 1990، نام دانشگاه به نام اصلی خود بازگشت. نام دانشگاه از نام Tomáš Garrigue Masaryk، اولین رئیس جمهور مستقل چکسلواکی برگرفته شده است. از سال 1922 تا به امروز بیش از 171،000 دانشجو از دانشگاه فارغ التحصیل شده اند. قدیمی ترین دانشکده این دانشگاه دانشکده پزشکی است که تاسیس آن به سال 1919 باز میگردد.
طبق آمار سال 2014، دانشگاه ماساریک با بیش از 3000 کارمند اداری و بیش از 2200 پرسنل آموزشی و 35،000 دانش آموز توانسته بیش از 200 رشته در مقطع لیسانس، 290 رشته در مقطع فوق لیسانس و 130 رشته دكترا را به صورت تمام وقت ارائه دهد كه بعضی از آنها به زبان انگلیسی یا آلمانی و همچنین به صورت ترکیبی ارائه می شوند.
دفتر مطالعات بین المللی به تسهیل تحرک به منظور ثبت نام دانشجویان ورودی و فارغ النحصیلی دانشجویان خروجی کمک می کند. در سال تحصیلی 2012-13، دانشگاه میزبان بیش از 1000 دانشجوی بین المللی بود. دانش آموزان با نیازهای ویژه و به خصوص خود توسط مرکز Teiresiás پشتیبانی می شوند.

دانشگاه ماساریک در سال 2007 موزه مندل (Mendel Museum) را راه اندازی کرد و زمین های نمایشگاهی را وقف تبلیغ کار علمی و زندگی گرگور یوهان مندل (Gregor Johann Mendel) کرد، که تجربیات خود را در صومعه آگوستین که موزه در آن قرار دارد، به معرض نمایش گذاشته است. سخنرانی های مندل که توسط دانشمندان برتر جهان در زمینه ژنتیک، زیست شناسی مولکولی، بیوشیمی، میکروبیولوژی و پزشکی ارائه شده است در موزه مندل برگزار می شود.
دانشگاه سینما اسکالا (The University Cinema Scala) توسط دانشگاه ماساریک از اکتبر 2013 به عنوان اولین دانشگاه سینمایی در جمهوری چک افتتاح شده است. سخنرانی آزادی، یک بحث عمومی در مورد موضوع اجتماعی جاری با شخصیت های برجسته سالانه در سالن سینما به مناسبت روز بین المللی دانشجویان (دانشجوی هفده) از سال 2014 برگزار می شود.
تحقیق و پژوهش
دانشگاه ماساریک همراه با سایر موسسات آموزش عالی شرکت CEITEC (the Central European Institute of Technology) را که مرکز پژوهشی برای تحقیقات اساسی و کاربردی در زمینه علوم زندگی است، تاسیس کرده است.
این دانشگاه مالک و گرداننده ی ایستگاه قطبی ماندل در قطب جنوب است. این ایستگاه تحقیقاتی در زمینه ی بیولوژیکی، زمین شناسی و اقلیمی را مورد پژوهش قرار می دهد. این ایستگاه در سالهای 2005 و 2006 ساخته شد و در تابستان های قطب جنوب کار می کند.

اداره انتقال تکنولوژی دانشگاه ماساریک در سال 2005 تاسیس شد و هدف از تاسیس آن اینست که نتایج تحقیقات و پژوهش های علمی را در زمینه عمل، پشتیبانی و همکاری بین جامعه علمی و صنعتی تسهیل کند.
رتبه بندی
این دانشگاه یک نهاد بسیار فشرده تحقیقاتی است. این به معنی "یک معامله بزرگ و عالی از تاکید بر همکاری بین المللی با دانشگاه های خارجی معتبر و دیگر موسسات تحقیقاتی" است.
این دانشگاه در سال های 2016 تا 2018 بین 600 برترین و بهترین دانشگاه ها در جهان به خود اختصاص داده است. در میان تمام دانشگاه های اروپایی که از سال 2004 به عضویت اتحادیه اروپا پیوستند توانسته رتبه ی هفت را به خود اختصاص دهد.
بر اساس رتبه بندی سال 2018 QS Students City، دانشگاه ماساریک در رتبه بندی "دیدگاه دانشجویان" در رتبه پنجم به همراه دانشگاه برلین، وین، استکهلم و آمستردام قرار دارد.